All'interno della chiesa si conservano i corpi dei santi martiri, Flavia, Giustino, Gaudenzio e i santi corpi dei fanciulli Agrippina e Leonzio, che furono trasportati in Appignano sotto il Pontificato di Leone XII e di Pio VIII. Sempre all'interno della chiesa, esiste una Cappella di sacre reliquie detta la Cappella dei Santi.

La sua costruzione fu autorizzata dal Vescovo Giovanni‐Antonio Benvenuti il 29 marzo 1829, e cominciata nello stesso anno su disegno di Serafino Valentini da Macerata.
La Cappella contiene cinquemila reliquie collocate in un artistico tempietto disegnato dal predetto Valentini.
Con atto del 24 novembre 1828 questo sacro tesoro, con l'altare ed il tempietto, fu donato alla Confraternita della Morte dal Sacerdote appignanese Don Vincenzo Benigni (1771‐1846) Canonico della Collegiata di Apiro. Due imitazioni di lapide poste una nella parte destra e l'altra nella parte sinistra della Cappella dei Santi ci ricordano l'evento. La Cappella fu inaugurata il 13 novembre 1831. Ogni anno per tutto il mese di maggio le sacre reliquie venivano esposte alla venerazione dei numerosi devoti. XIX sec. Serafino Valentini da Macerata.